Nació en Manhattan el 21 de noviembre de  1962 y es considerada como la productora más importante en la historia del llamado cine queer. Ha ayudado y apoyado producciones independientes y a cineastas como Todd Haynes, Kimberly Peirce, Mary Harron entre otros. Entre los films que ha producido se cuentan: Parting Glances (1986); Poison (1991); Swoon (1992); Dottie Gets Spanked (1993); Postcards from America (1994); Go Fish (1994); Kids (1995); Safe (1995); Stonewall (1995); I Shot Andy Warhol (1996); Office Killer (1996); Kiss Me Guido (1997); Happiness (1998); Velvet Goldmine (1998); Boys Don't Cry (1999); Crime and Punishment in Suburbia (2000); One Hour Photo (2001); Hedwig and the Angry Inch (2001); Far from Heaven (2002); The Safety of Objects (2003); A Home at the End of the World (2004), basada en una novela de Michael Cunningham es uno de sus últimos proyectos. 

Su pasión por los films comenzó a desarrollarse desde temprano y fue estimulada por sus padres, impulsándola a ver películas. En la universidad Brown, debió estudiar semiótica para poder estudiar cine, era el único modo. 

Tras su graduación, decidió tomar varios trabajos antes de regresar a Nueva York en el año 1983, ese fue el primer paso para lo que más le interesaba que era hacer films independientes. Trabajó como asistente para el film Parting Glances, una película sobre la vida gay en Nueva York dirigida por Bill Sherwood.  Con Todd Haynes, y Barry Ellsworth, Christine inició su primera compañía productora de films: Apparatus. Allí Vachon produjo siete cortos en cinco años; estos tenía como tema principal a las mujeres o la homosexualidad. El más conocido de ellos fue de dirigido por Haynes, era la historia de Karen Carpenter, un film donde se usaban muñecas Barbie para contar la trágica historia de esta cantante. Posteriormente vinieron dos films premiados y aclamados, Poison de Haynes y Swoon Poison de Tom Kalin. 

En el año 1997 con una nueva compañía llamada Killer films produjo un film de culto dirigido por la conocida fotógrafa Cindy Sherman: Office Killer. De ahí en adelante otros films con temas queer saldrían auspiciados por esta productora: Los chicos no lloran, Velvet Goldmine, Yo le disparé a Andy Warhol y Go Fish entre otros, films donde se explorarían temas como la transexualidad, la homofobia y la pedofilia.

Christine Vachon rehúsa ser llamada la reina del cine queer, y sostiene que ella no produce films basados únicamente en el hecho de que tengan un contenido queer o apelen a audiencias queer. Por otra parte ha sido criticada por grupos lésbicos, por no hacer más films sobre lesbianas, y por grupos de gays por la forma en que ha descrito a veces algunos personajes gays masculinos.

Actualmente Vachon vive en Nueva York con su esposa, Marlene Mc Carthy y una hija adoptada llamada Guthrie Forest Yi Wen Yi McCarthy Vachon.