No se sabe exactamente su fecha de nacimiento ni de donde proviene. Pero probablemente nació en el año 1640 en la localidad Canterbury, Inglaterra. Del mismo modo tampoco se sabe mucho de sus primeros años de vida, lo poco que se sabe de su vida nos dejan datos intrigantes de esta mujer. Un ensayo biográfico sostiene que Aphra era la hija de Mr. and Mrs. John Johnson de  Canterbury, esta pareja junto a un pequeño niño que se supone era hermano de Aphra, viajaron hacia las indias occidentales en 1663. Al parecer el señor Johnson murió en el trayecto, en tanto la madre y los dos niños vivieron durante un tiempo en Surinam,  y que la más famosa novela de Behn Oronooko, está basada en sus experiencias en ese lugar. 

Cuando Aphra regresó a Inglaterra, en el año 1664, conoció y se casó con un comerciante danés, que le dio el apellido. Tiempo después su esposo falleció dejándola sin dinero. Obtuvo entonces un empleo como espía del rey Carlos II y fue enviada a Bélgica, durante la guerra entre Inglaterra y los Países Bajos. Carlos II que debía pagar su viaje de regreso, no lo hizo, y en Diciembre de 1666 se vio obligada a pedir dinero prestado a un amigo para poder regresar. Como el rey se negó a reembolsarle el costo, Aphra fue enviada a prisión por deudas. Luego de ser liberada, Aphra se propuso a sí misma no depender nunca más de nadie. Así comenzó a trabajar primero en un teatro y luego a escribir novelas. Escribió para el teatro "El Matrimonio Forzoso",  "Las Cortesanas Fingidas" y "El Vagabundo". En El Emperador de la Luna utilizó como fuente el estilo de la Commedia dell´Arte, dicha adaptación o innovación de estilo produjo un gran avance en la pantomima moderna. . En 1688 escribió la novela "Oroonoko o el Esclavo Real", en la que cambia las ideas corrientes en su tiempo sobre los llamados "pueblos salvajes", muchas la consideran la primera novela filosófica, anterior incluso a la Pamela de Richardson. En ese entonces además se dedicaba a realizar traducciones literarias del francés  y el latín al inglés. 

Vita Sackville West la proclamó como la primera mujer inglesa en poder vivir por medio de su trabajo como escritora. Su persona era motivo de comentarios y chismes, rehusó volver a casarse, y era amiga íntima además de John Hoyle un señor que tenía fama de salir con hombres. La forma en que se comportaba públicamente, así como la forma en que escribía sobre sí misma, la hicieron motivo de habladurías. Muchos de sus poemas dan cuenta de sus relaciones con otras mujeres, otros tratan sobre la homosexualidad masculina, la violación, la impotencia, temas que eran obviamente tabú en ese entonces. Así ganó fama de tratar temas inusualmente explícitos en cuanto a erotismo y episodios sexuales en sus poemas, muchos celebraban el amor entre hombres tanto como entre mujeres.

En la presentación de sus libros fue comparada debido a todo lo narrado a Safo asi como a su predecesora Katherine Fowler Philips..

Falleció el 16 de abril de 1689, y fue sepultada en la Abadía de Westminster. Virginia Woolf dijo de ella:  "Todas las mujeres deberían depositarflores en la tumba de Aphra Behn, pues fue ella quien ganó para ellas el derecho de expresar sus ideas".

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